Lo spazio interno del Battistero, di non grandi dimensioni essendo stato ricavato alla base di una torre, è scandito da due vani tra di loro comunicanti: dall'aula quadrata voltata a crociera, senza nervature, si passa a uno spazio di ridotte dimensioni con funzione di presbiterio, coperto da una volta a botte. Escludendo l'esterno dell'edifico, dove ancora si conserva una Annunciazione, all'interno sono presenti diciassette episodi dedicati alla vita di san Giovanni Battista, che coprono per intero le pareti, le volte, i sottarchi; la loro lettura deve avvenire in senso orario, partendo dalla controfacciata: Annuncio a Zaccaria, Visitazione, Nascita, Imposizione del nome, Andata nel deserto, Consegna della pelle di cammello da parte dell'angelo, Predicazione, Incontro con Gesù, Battesimo, Giovanni rimprovera Erode ed Erodiade, Giovanni è imprigionato, Visita dei discepoli al maestro in prigione, Banchetto di Erode, Decapitazione, Consegna della testa a Erodiade, Seppellimento. A ciò si aggiungano i Dottori della Chiesa sull'intradosso dell'arco che collega i due ambienti del Battistero, gli Evangelisti intorno all'Agnello Sacro sulla volta principale e Dio Padre tra Angeli sulla volta a botte del presbiterio.