La volta del vano più piccolo del battistero è contraddistinta dalla presenza, nella parte centrale, della figura di Dio Padre entro un oculo da cui si dipartono vari raggi dorati (e da cui è appena uscita la colomba dello Spirito), e da due schiere di quattro angeli, rispettivamente a destra e a sinistra. Nella parte bassa, un ulteriore figura angelica sembra emergere dal fondo celeste, purtroppo assai consunta e deteriorata. Anch'esso assai depauperato della originale cromia azzurra, il cielo che fa da sfondo alla scena è contraddistinto dalla presenza di stelle; ai lati della volta emergono paesaggi e architetture scorciate decorate da finti marmi e da elementi illusionistici che rimandano alle coeve membrature tardo gotiche. E' stato osservato come il tondo con Dio Padre corrispondesse, in origine, alla posizione che a terra aveva la vasca battesimale; la serie di corrispondenze non termina qui, visto che le acque del fiume Giordano, dove avviene il battesimo di Cristo raffigurato nella lunetta, sembrano andare simbolicamente a colmare la vasca battesimale sottostante.