In primo piano, al centro della tela, è rappresentato s. Francesco d'Assisi, inginocchiato in preghiera, di tre quarti, con il viso rivolto verso l'alto, presso una roccia, sulla quale sono dipinti alcuni arbusti. Il capo è barbato e tonsurato. Indossa il saio con ampie maniche; piedi nudi. Una mano è portata al petto e l'altra regge un teschio. Sullo sfondo è accennato un brano di paesaggio con cielo solcato da nubi e alcuni alberi e cespugli che fungono da quinta, sulla sinistra