La decorazione del coro è stata riortata alla luce solo dopo i recenti restauri (cfr. Dandre 1976), ma è, nel complesso, frammentaria e di difficile lettura, anche iconografica. Sulla voltaasono dipinti, entro le vele, i simboli degli evengelisti. La parete sinistra è dominata daun vastissima lacuna che lascia vedere, in basso sulla sinistra entro una nicchia S. Francesco, mentre, vi era comunque raffigurato il Sogno di Innocenzo III. Nella parete centrale nella lunetta doveva esservi rappresentata una crocifissione(se ne intravedono ancora dei frammenti), mentre in basso, ai lati di una monofora, vi è dipinta una Annunciazione. La parete destra, infine, è affrescata in alto con una Incoronazione della Vergine ed in basso doveva esservi dipinto un Cristo benedicente entro una mandorla sorretta da angeli, ora quasi completamente perduta