I due troni vennero eseguiti dopo il coro, nel 1556, come si ricava dalla data ben visibile nel pannello centrale del trono di destra. I due troni sono lumeggiati in oro, compresa la parte frontale dei sedili, a forma di conchiglia. Ritornano gli stessi temi degli stalli del coro ligneo: quindi mascheroni, volute, uccelli, animali fantastici, fiori e piante. La novità consiste nei cinque soggetti rappresentati nei pannelli degli schienali. Nel primo pannello del trono di destra, la bellissima scena di Davide, che si avventa, sul possente corpo di Golia. Il pannello centrale, pure molto ricco e curato, sembra scolpito per evidenziare la data, al centro di esso: MDLVI. La scena del terzo pannello, riproduce uno degli episodi dell'Antico Testamento più caro agli agiografi ed agli artisti: il sacrificio di Isacco