I due troni vennero eseguiti dopo il coro, nel 1556, come si ricava dalla data ben visibile nel pannello centrale del trono di destra. I due troni sono lumeggiati in oro. Il trono di sinistra contiene tre scene. La prima partendo da sinistra riproduce un soggetto inusuale nella Basilica: l'arcangelo S. Michele che da condottiero vittorioso calpesta Lucifero, terrorizzato e ripugnante. Contrasta con la scena precedente quella del pannello centrale, ove campeggia la figura ieratica e mistica di San Giovanni Battista. Le due colonne laterali e l'architrave servono ad accentuare maggiormente queste caratteristiche. Il terzo pannello infine riproduce la scena di Giuditta, dall'incedere solenne ed elegante, che mostra la testa di Oloferne. Le cimase dei troni, le colonnine lumeggiate in oro e gli altri accessori con particolari estremamente curati dagli artisti pongono questi due capolavori sullo stesso piano artistico del coro ligneo