Il coro segue la linea dell'abside e si divide in due parti uguali, separate al centro dalla famosa porta intarsiata di frà Damiano da Bergamo, la quale fa da ingresso alla terrazza dalla quale si gode uno splendido panorama sulla valle di Assisi. Ogni ala del coro comprende due ordini sovrapposti di stalli o nicchie: nel piano superiore si contano complessivamente quaranta stalli, in quello inferiore ventotto. Ogni stallo è costruito in maniera tale che una persona vi possa stare comodamente seduta o in piedi, poichè ha la base rettangolare, mentre lo schienale all'altezza del bracciolo è ricurvo: il resto della spalliera prosegue quasi tutto a pannelli intagliati. Infatti ogni nicchia del coro superiore, dall'alto in basso, consta di quattro parti distinte, delle quali le tre superiori (il pannello e i due fregi che lo delimitano) sono lavorate ad intaglio e l'altra ad intarsio. Nel piano inferiore lo specchio è ugualmente ad intarsio ed è sormontato da un fregio. Il fregio, che cinge il coro e forma le cimase, consiste in una corona di aquile intercalate da fiaccole. (Le misure, campo MIS, sono relative al singolo stallo)