La navata della chiesa è coperta da una volta a botte solcata da archi in corrispondenza delle lesene; essi dividono l'intradosso in due grandi campi e in tre fasce minori. Partendo dall'ingresso il primo campo illustra il Carmelo Riformato mostrando nel riquadro centrale Durvelo (il famoso convento della Spagna da cui partì la Riforma) e nei due riquadri laterali i Santi riformatori Teresa d'Avila e Giovanni della Croce. Il secondo campo mostra il Carmelo Antico con al centro la raffigurazione del sacro monte ritenuto culla dell'Ordine e nei due riquadri laterali Elia (che si suppone essere stato il primo a ritirarsi sul Carmelo) in due eventi differenti. Le strisce minori sono divise in parti quadrilatere ove campeggiano ottagoni e tondi occupati da figure bibliche, patriarchi, Dottori della Chiesa, santi e martiri dell'Ordine. Attorno agli scomparti si susseguono intrecci geometrici, volute, festoni dipinti a charoscuro su tondi pallidissimi ove prevale la nota verdiccia. Le quattro cappelle hanno tutte volta azzurra ravvivata da raggi e stelle. La parete cilindrica reca fascette di fiori e frutta con angeli in atto di pregare; nelle riquadrature delle paraste grosse candelabre sono dipinte a chiaroscuro su fondo dorato