La Chiosa di S. Gaetano è costituita da un'unica navata, a pianta rettangolare, che si apre ad arcate sulla sinistra, in due cappelle comunicanti tra loro, e sulla destro in un'unica cappella. Termina con un'abside, a pianta quadrata, sormontata da una cupola e costoloni estradossata. Lo struttura muraria è costituita da murature continue in pietra mista, ricoperte di intonaci e stucchi. La navata centrale è coperta da una volta a botte, sovrastata da un tetto a falde inclinate, costituito da capriate lignee con manto di copertura di tegole. Le due cappelle a sinistra sono sovrastate ciascuna da una piccola cupola estradossata.La cappella a destra, a pianta quadrata, è coperta da una volta sferica su pennacchi, e presenta varie decorazioni e stucchi. Il prospetto della Chiesa non è isolato rispetto a quello degli altri edifici vicini, ma è continuo agli stessi. Gli altri muri perimetrali laterali alla chiesa sono adiacenti, il sinistro al Monastero ed alla Chiesa di S. Croce e quello di destra all'Arciconfraternita del Suffragio