La chiesa, che costituiva il luogo di culto di un articolato villaggio rupestre, ha una pianta di forma quadrangolare, e tre ingressi, due dei quali affacciano sulla lama e uno che collega l’ipogeo alla vicina chiesa “costruita”. Tra il XII e il XIV secolo d.C. vennero realizzati altri ambienti ipogei, separati dal primo e con ingresso autonomo, per uso funerario: furono scavati alcuni corridoi che presentano sulle pareti una sequenza di nicchie-cappelle, una delle quali conserva una raffinata rappresentazione della Vergine con Bambino. Fino al XV secolo d.C. la cripta era dedicata a San Giorgio; probabilmente già a partire dal XVI secolo d.C. la titolare divenne la Madonna delle Grazie, proprio per la presenza della figura mariana alla quale vengono attribuiti poteri miracolosi, tanto da richiamare numerosi fedeli dai territori circostanti, facendo, così, emergere l’esigenza di ambienti più ampi utili ad accogliere diverse comunità. La risistemazione dell’ipogeo conservò come fulcro principale l’immagine della Vergine col Bambino, determinò l’abbattimento della parete rocciosa che divideva la vecchia chiesa di San Giorgio con la vicina cappella funeraria