Il chiostro è a pianta quadrata con archi a tutto sesto e colonne a pianta quadrata. All'imposta degli archi esiste un motivo decorativo in mattoni. Le arcate sono chiuse fino ad un'altezza di 70 cm da un muretto in mattoni che si interrompe una volta su ogni lato del chiostro. Tre lati del chiostro sono incorporati al convento, mentre il quarto lato si appoggia alla chiesa di Santa Croce. Questo lato è a due piani con 7 archi per piano. Al piano superiore si trova una antica meridiana. Il pavimento del chiostro è in cotto, mentre il giardino all'interno è pavimentato con sassi di fiume a corsi semicircolari. Il soffitto è di travicelli in legno, parte in piano parte inclinato, negli angoli del chiostro si trovano delle volte a crociera. All'interno del chiostro sul lato nord si trova l'antico cipresso che la tradizione vuole sia stato piantato da S. Francesco. Di fronte al cipresso c'è un pozzo con copertura a due falde con manto in coppi. Del chiostro, entrando nella parte più antica del convento, si passa direttamente nel la cappella di S. Francesco. Motivo singolare, tutto proprio dello storico convento, sono le crocette in cotto, rientranti per lo spessore di un mattone "nel muro vico al di sopra delle finestre delle che si trovano sul più antico fabbricato