A sx della Cappella del Corpus Domini, attraverso una scala a 2 rampe in muratura di mattoni con lastre di pietra, si accede alla cripta. La pianta è semicircolare divisa in tre navate che si prolungano sotto l’attuale gradinata che sale al presbiterio. Contro la parete curvilinea si appoggiano quattro colonne di mattoni arrotondati poggianti su un basso zoccolone che gira tutto intorno. Sulle colonne poggiano archi a pieno centro trasversali su cui si impostano le volte a crociera a spigolo vivo. Al di fuori della cripta, prima di salire alla cappella del Corpus Domini, è conservata una tomba paleocristiana in telogoni, scoperta durante la costruzione della scaletta di accesso alla cripta del 1955