La basilica di S. Apollinare, l'unica sopravvisuta nel territorio classicano, fu consacrata nel 549 dal vescovo Massimiano. La sua erezione fu promossa, come per la basilica di S. Vitale, da Giuliano Argentario. Fa parte delle cosiddette basiliche cimeteriali, ossia di quegli edifici di culto che sorsero nel luogo di sepoltura di santi e vescovi, in questo caso S. Apollinare, primo vescovo di Ravenna, la cui sepoltura è stata identificata come una tomba a cassa di laterizi rinvenuta insieme ad altre nella necropoli cristiana strettamente adiacente e sottostante la chiesa. Intorno ad essa, divenuta ben presto luogo di culto, fu innalzata una piccola basilica-martyrion.  L'edificio, munito di campanile cilindrico risalente al IX o X sec., si presenta a tre navate, separate da una doppia fila di colonne in marmo greco, culminanti nel presbiterio adorno di uno straordinario apparato ornamentale musivo, realizzato in epoche diverse e quindi con evidenti differenze stilistiche.  Il catino absidale è sormontato da una rappresentazione della Trasfigurazione di Cristo sul monte Tabor, in cui Cristo è rappresentato da una croce gemmata (al cui centro appare un medaglione col ritratto aureolato del Cristo) entro un clipeo azzurro ornato da stelle; ai lati del clipeo si trovano i profeti Mosè ed Elia. Al centro dell'abside, entro una cornice paesaggistica verdeggiante e fiorita, campeggia S. Apollinare in atteggiamento orante, attorniato da pecore che simboleggiano il gregge cristiano ovvero i fedeli ravennati, seguaci del loro pastore. Negli spazi tra le finestre trovano posto le effigi dei quattro vescovi fondatori delle principali basiliche ravennati. Anche l'arco trionfale presenta ricche decorazioni musive, su vari registri. Originariamente affacciato alla strada Reina, un diverticolo della via Popilia che collegava la grande strada romana con Classe, fu successivamente dotato dell'attuale atrio porticato, che ospita marmi ed iscrizioni recuperate dalla chiesa. Numerosi sarcofagi marmorei (V- VIII sec.) sono dislocati anche lungo le navate. Dal 1996 fa parte dei monumenti tutelati dall'Unesco.