Chiesa a pianta a croce latina con due navate laterali a campata quadrata, coperte da voltine a crociera, e quattro campate centrali della stessa forma con costolone tondo modulate da archi a sesto acuto su pilastri di cotto. Nel transetto di affacciano quattro cappelle, due per lato, sorte in contemporanea alla chiesa, voluta verso la fine degli anni Ottanta del Duecento dal nobile e guelfo Antonio Fissiraga per ospitarvi i Francescani Minori Conventuali, poi sostituiti dagli Osservanti nel 1527 che apportano ampliamenti e riparazioni entro settembre 1571, anno della conclusione di lavori. Dal 1304 sino alla fine del secolo la chiesa viene decorata a cominciare dalle volte verso la controfacciata con stelle e rosette, per ospitare interventi più complessi e raffinati vicino al presbiterio o nel transetto, in cui compaiono riferimenti alla cultura giottesca della cappella degli Scrovegni, cultura giottesca ben illustrata dalla Crocifissione del primo pilastro a destra. Un forte cambiamento stilistico si deve al Maestro di Ada Negri e a quello delle Storie di Santa Caterina, che esprimo una raffinata cultura tardogotica a partire dalla fine del XIV secolo.