Il soffitto della navata centrale si presenta diviso in campate strette e allungate, coperte ognuna da una volta a crociera affrescata con motivi decorativi vegetali. Ogni vela della crociera è caratterizzata da un profilo esterno decorato con un motivo ad ovoli dorati, che racchiude al suo interno un ricco festone di foglie e frutti, avvolto da nastri colorati che termina, in corrispondenza degli angoli, con delle ricche cornici contenenti specchi-gioiello. Gli archi che separano le singole campate sono anch'essi decorati ad affresco con motivi geometrici, intervallati da riquadri figurati oggi di impossibile interpretazione a causa dello stato di conservazione della pellicola pittorica. Nella parte di chiesa aperta ai fedeli tale decorazione è stata in parte modificata, se non nell'impostazione generale, almeno nei dettagli. Rimane infatti presente il motivo a festone vegetale, circondato però da cornici architettoniche lisce che agli angoli termina con volti dorati di putti. Inoltre il triangolo centrale di ogni vela, caratterizzato nella chiesa claustrale da una semplice riquadratura con tre rosette dorate alle estremità, viene qui sostituito da un motivo decorativo ad ondine dorate.