La parete che separa la chiesa claustrale da quella riservata ai fedeli è caratterizzata da una articolata serie di affreschi disposti su due ordini, che continuano anche sulle pareti laterali del presbiterio. Nelle lunette in alto sono raffigurate, da sinistra a destra, alcune scene della passione: la Salita al Calvario, Cristo inchiodato alla croce e la sua Sepoltura. Nella fascia mediana della parete divisoria appaiono le sante Apollonia e Lucia (nel riquadro a sinistra), Caterina d'Alessandria e Agata (nel rinquadro di destra), e i santi Sebastiano e Rocco sulle lesene; nella fascia inferiore, invece, si scorgono figure a monocromo (angeli e San Martino e il povero), accompagnate da finte incrostazioni marmoree e da un frammento di paesaggio nella nicchia al centro. Sulle altre pareti del presbiterio si registra la presenza, nel vano di sinistra, dell'Orazione di Cristo nell'orto, con ai lati Guida giuida i soldati e Cristo deriso; nel vano presbiteriale di destra, invece, si riconosce l'episodio della Resurrezione sulla parete centrale, con la Sepoltura di Cristo e il Noli me tangere rispettivamente a sinistra e a destra.