La parete di fondo rappresenta il Battesimo di Cristo da parte di San Giovanni, personaggio a cui è dedicato l'intero spazio sacro della cappella in esame. L'episodio, arricchito dalla presenza di quattro angeli sulla destra che reggono le vesti di Gesù, si svolge tutto in primo piano, mentre lo sfondo si apre su una affascinante veduta paesaggistica, contraddistinta da elementi naturalistici (alberi, colline e monti) e da alcuni segni della presenza umana (rovine antiche, un castello, alcune case, un ponte e una città in lontananza). Le pareti laterali della cappella presentano due episodi relativi alla vita di san Giovanni, quale l'Imposizione del nome del Battista, mentre a destra il suo martirio, avvenuto per decollazione. Nella figura di Zaccaria impegnato a scrivere il nome del Battista è stato riconosciuto il ritratto del committente, il marchese Francesco Carreto.