L'altare, la cui mensa poggia su pilastri marmorei e che presenta un paliotto con lo stemma francescano tra due volute e un ricco ciborio in marmo policromo, è addossato ad una iconostasi che si estende da un lato all'altro del presbiterio. Decorata a tarsie marmoree, essa si apre verso il retrostante coro per mezzo di due porte in legno sormontate da cherubi alati e da un timpano con frontone spezzato