Le antiche monofore trecentesche furono murate e squarciate nel '600 per essere sostituite da finestre rettangolari; vennero poi riaperte durante il restauro del 1904-1912, e fra il 1937-1938 furono chiuse con vetrate istoriate secondo il modello trecentesco, come i numerosi avanzi dell'originale vetrata dell'abside lasciavano supporre. Nello stesso periodo il pittore senese Amedeo Brizzi eseguì la decorazione degli sguanci, il fregio sotto il soffitto e lo zoccolo a riquadri nella parte inferiore delle pareti. Nel dattiloscritto di don A. Brandi "La chiesa di S. Agostino in Montalcino" è riportato che i lavori di restauro della chiesa iniziarono il 1/2/1937 e si conclusero il 13/3/1938