La cantoria dell'organo è composta da un parapetto suddiviso in cinque specchiature, di cui due più grandi delle altre, e poggiante su tre sostegni sagomati. Essa è sormontata da una mostra formata da due colonne con capitello composto, poggiante su mensole. In alto una trabeazione al cui sommo c'è lo stemma dell'opera di Sant'Agostino. Il tutto è decorato con intagli e motivi vegetali dorati su fondo celeste. Sulle due specchiature più grandi della cantoria si evidenziano due teste di cherubini