La cassa è collocata in sacrestia, accostata alla parete di fondo. Essa è costituita da due parti, secondo la tradizione che si ritrova negli organi positivi: quella inferiore contenente i mantici e quella superiore per le canne e la tastiera. Le portelle del prospetto e dei fianchi sono in legno traforato e lavorate a griglia: nella parte superiore sono sagomate seguendo l'andamento mistilineo del coronamento della cassa