La cassa d'organo è costituita dalle due massicce colonne laterali, intagliate a motivo fitomorfi, e dalle cariatidi al centro, sormontate dall'imponente timpano curvilineo spezzato al centro del quale troneggia il Pantocrator a braccia aperte. L'iseme appare fittamente decorato: le colonne dipinte in azzurro e percorse da un tralcio tortile dorato sono sormontate da capitelli corinzi dorati. Le due colonnine centrali a sezione quadrata e le due semicolonnine presentano un basamento a prisma quadrangolare e si sviluppano verticalmente trasformandosi in cariatidi a braccaia incrociate.Al di sopra è posta un'architrave spezzata al centro, oltere la quale le due colonne continuano con una decorazione a mensola terminante in testa di cherubino. Alla sommità un'architrave dipinta in azzurro presenta decorazioni dorate a rilievo costituite dall'intreccio fitomorfo del fregio a da più ordini sovrapposti di ovuli e palmette che proseguono nel timpano. Al centro dell'architrave campeggia un cartiglio sormontato dalla testina di un cherubino