La struttura dell'altare in marmo giallo di Siena poggia sui gradini della base in porfido rosso. Nel mezzo è inserita la cattedra episcopale fiancheggiata da due sedili per i canonici assistenti, il tutto in giallo senese. Lateralmente ai sedili si distende il gradino inferiore dell'altare con due pannelli decorati a tarsie di porfido rosso e cornicette di marmo nero, affiancate da colonnine di marmo rosso venato coronate da capitello corinzio. Una fascia decorata con motivi geometrici ad intarsio segna il passaggio al gradino superiore, interrotto nel mezzo dallo schienale della cattedra, coranata da una serie di nicchiette a mosaico dorato (cinque per lato) intercalate da colonnine corinzie in marmo rosso venato. La mensa staccata dall'altare e portata in avanti presenta nel mezzo un bassorilievo in marmo bianco di Carrara riproducente il Cenacolo leonardesco, affiancato da due nicchie contenenti le statue di San Pietro e di San Pio V rispettivamente a destra e a sinistra