L'altare maggiore è formato da un'alzata, addossata alla parete di fondo del coro, che circonda una nicchia ospitante il gruppo scultoreo raffigurante il Battesimo di Cristo. Ai lati sono due colonne tortili in marmo nero e due telamoni nascenti da foglie d'acanto poggianti su elementi tronco piramidali rovesciati. Al di sopra una trabeazione spezzata, su cui sono posti agioletti, posti ai lati di una lapide circolare con iscrizione, circonndata da una corona d'alloro è sormontata da timpano mistilineo sorretto da cherubini. Il tutto è eseguito in stucco e marmo bianco. La mensa, in marmo bianco intarsiato di marmi policromi, poggia su due gradini, il secondo dei quali ha il piano con intarsi raffiguranti motivi vegetali stilizzati, è compresa fra due lesene a tronco rovesciato, decorate con modanatura concava. La specchiatura è ornata con medaglione centrale, decorato con un rilievo dedicato a S. Giovanni Battista, posto sopra una conchiglia stilizzata. Sulla mensa poggiano tre gradini, col fronte ornato da cartelle, terminanti, quello inferiore, con un riccio, e quella superiore con un cherubino. Al centro si erge il tabernacolo