Dalla metà del IV secolo a.C. Egnazia, come la maggior parte dei centri messapici, si dotò di una struttura difensiva con l’evidente scopo di proteggere il centro principale da attacchi nemici. Agli inizi del V secolo a.C., infatti, ci furono violenti scontri tra la città di Taranto, principale centro della Magna Grecia in Puglia, e le popolazioni messapiche. Gli antichi storici greci Erodoto e Diodoro ricordano il violento scontro tra Taranto e Karbina (Carovigno) avvenuto intorno al 470 a.C. Scontri che con alcune città (Manduria, ad esempio) durarono fino alla fine del IV secolo: sappiamo infatti che nel 338 a.C. il re di Sparta, che all’epoca era una delle più importanti città-stato del Peloponneso e dell’antica Grecia, Archidamo III, arrivò col suo esercito a Manduria per aiutare i tarantini e qui trovò la morte Non sono note, però, notizie di battaglie che abbiano coinvolto direttamente la città di Egnazia, che rimaneva un importante scalo commerciale grazie al suo porto. La cinta muraria di Egnazia si estendeva con andamento semicircolare per una lunghezza di 1680 metri circa, chiudeva una superficie di 42 ettari e cingeva la città su tutti i lati tranne che sulla costa. Lo studio degli elevati, nelle porzioni meglio conservate, ha permesso l'identificazione di due diverse tecniche murarie che presuppongono due fasi cronologiche differenziate. La prima fase, risalente alla fine del IV secolo a.C., tra il 350 e il 320 a.C., è ben individuabile nelle porzioni nordovest e sudest. Quest'ultima è costituita da un muro di pietrame, sorretto all’interno da un muretto in blocchi e all’esterno da un paramento, costituito a sua volta da un’unica fila di blocchi con dimensioni diverse, disposti per il verso della lunghezza; con un fossato ampio 5 metri, tagliato nella roccia, che conclude il sistema difensivo. Nel corso del III secolo a.C. il fossato venne colmato con pietrame e terra, un vero e proprio emplekton (riempimento interno) ampio circa 5,40 metri, tra il vecchio paramento, che funge da cortina interna, e il nuovo, quest'ultimo realizzato con grandi blocchi di pietra locale disposti alternativamente di testa e per lungo. Questa tecnica edilizia è documentata in prossimità dell'area settentrionale, presso il “muraglione”, alto 8 metri, e nel settore meridionale. Qui le mura sono costituite da due cortine in opera quadrata, ovvero formate da grossi blocchi ben squadrati (140 × 70 × 45 centimetri) sulla cui facciavista sono ben visibili gli incavi per gli incastri (anathyrosis). Lo spessore della fortificazione si aggira fra i 5,50 ai 7 metri, presentando in alcuni tratti una misura inferiore ai 4,50 metri circa. Diversamente da ciò, nel tratto settentrionale, nei pressi del muraglione e in quello meridionale, la nuova cortina fu affiancata a quella della fase precedente colmando il fossato, probabilmente per esigenze legate alla staticità del terreno, tendente all’impaludamento. Gli scavi effettuati dalla Soprintendenza per i Beni Archeologici della Puglia nel 1967 hanno permesso la messa in luce della porta di nord-ovest attraversata da un asse viario con andamento est-ovest. Un saggio di scavo, esteso fino alla trincea di fondazione delle mura e in prossimità di uno dei due contrafforti della porta, ha permesso di recuperare materiale votivo, in particolare delle lucerne che hanno permesso di datare la struttura successivamente al 400 a.C. La porta è ubicata nel punto in cui il tratto settentrionale, curva verso sudovest, e costeggia via delle carceri. L'ingresso è costituito da due contrafforti distanti 7 metri circa sul lato esterno; quello settentrionale è caratterizzato da una sporgenza verso l’esterno. L'apertura si configura come un corridoio con una larghezza di 2,78 metri, e presenta un probabile piano superiore, come evidenziato dalla presenza di blocchi individuati tra le pareti laterali della porta. Questo tipo di apertura è classificato come "porta a bracci paralleli", tipologia attestata in Messapia a Muro Leccese e a Roca, due centri indigeni ora in provincia di Lecce. La profondità del varco non è definibile in quanto la sua estremità interna appare interrata dalla campagna retrostante. In corrispondenza della parte centrale del varco di accesso, sulla facciavista laterale di entrambi i lati del corridoio, è presente una rientranza spessa circa 20 centimetri e lunga 1,40 metri che doveva ospitare, presumibilmente, i battenti della porta. Confronti con strutture simili presenti a Muro Leccese, a Roca ma anche a Taranto supportano la collocazione cronologica del primo impianto dal 350 a.C., come peraltro sembrerebbe testimoniare il rinvenimento negli strati di fondazione delle mura di una moneta di Alessandro il Molosso, coniata nell’antico Epiro, una regione corrispondente grossomodo alla moderna Albania tra il 340 e il 325 a.C., in associazione a ceramica coeva