Il battistero del complesso di Belmonte è situato in prossimità del fianco settentrionale della basilica e si presenta come un edificio indipendente, dotato di una vasca a immersione a impianto cruciforme ricavata direttamente nel banco roccioso. Altri edifici ecclesiastici rurali forniti di impianti battesimali sono attestati nell’Italia Meridionale. L’esempio di vasca cruciforme geograficamente più vicino è il fonte battesimale di Venosa, seguito dalla più distante vasca battesimale rinvenuta nella basilica di Metaponto (in relazione ad un contesto urbano). Il braccio orientale della vasca altamurana è provvisto di una piccola abside svasata verso l’alto e di una scaletta con quattro gradini sui restanti lati. Data la sua peculiare posizione, il fonte battesimale viene considerato esterno all’edificio ecclesiastico rientrando nella categoria dei cosiddetti “battisteri-edifici autonomi”. Appare plausibile che in passato esso fosse alimentato da un pozzo sorgivo, verosimilmente localizzato a pochi metri dal complesso, al termine di una piccola lama (in Puglia sono note come lame i solchi erosivi poco profondi, tipici del paesaggio pugliese, che canalizzano le acque provenienti dalle precipitazioni atmosferiche dall'altopiano della Murgia fino al punto di chiusura del bacino idrografico di appartenenza), in corrispondenza della quale ancora oggi è percepibile un lieve avvallamento. Assenti le tracce della condotta d’afflusso per l’acqua, è stato individuato sul fondo della vasca solo un foro per lo scolo. Sulle pareti sono state riscontrate leggere tracce di quello che sembra essere uno strato d’intonaco