La cavità è costituita da un ambiente unico di forma rettangolare, presenta due pilastri in pietra uniti da un arco e due altari: l’uno, probabilmente quello originario, addossato alla parete occidentale, l’altro, d’epoca barocca, posto al centro dell'ambiente; l’aspetto attuale della cripta è frutto di notevoli modifiche effettuate in relazione alla costruzione del santuario. Lungo la parete settentrionale si apre un breve cunicolo che immette in un ulteriore vano, più piccolo e basso, interpretato da alcuni studiosi come l’originario luogo di culto, successivamente ampliato. Le pareti della grotta custodiscono diversi cicli pittorici ascrivibili dalla fine dell’XI secolo d.C. sino al 1700. Il dipinto più antico è il dittico posto a destra dell’ingresso: i Santi Andrea Apostolo e Michele il Sincello, quest’ultimo un santo monaco dal culto desueto e che conferma i forti legami con l’oriente, in particolare Costantinopoli. Le pitture che compaiono, invece, sui due pilastri dell’arcata sono databili alla metà del 1200: sul pilastro destro il santo diacono Stefano mentre, sul pilastro di sinistra, non è dipinto San Lorenzo, bensì un santo monaco, forse San Benedetto oppure un più probabile San Francesco d’Assisi. Del ciclo di inizio quattordicesimo secolo fanno parte gli affreschi posti a sinistra: il Cristo Pantocratore assiso in trono, caratterizzato da un’impetuosa gestualità sconosciuta al mondo orientale, che regge il libro aperto, con iscrizione latina: “Io sono la luce del mondo chi segue me non camminerà nelle tenebre”, tratta dal Vangelo secondo Giovanni (8, 12); San Giovanni Evangelista (l’iscrizione presente nell’affresco recita: In principio erat Verbum, et Verbum erat apud Deum – In principio era il Verbo, e il Verbo era presso Dio); si prosegue con il ritratto di un evangelista e a seguire una monumentale figura a mezzo busto di San Nicola, vescovo di Myra. L’ultima scena inerente allo stesso strato pittorico raffigura San Giovanni Battista in atto benedicente. Va ricordato che le rappresentazioni di San Nicola e di San Giovanni Battista sono accompagnate da iscrizioni bilingui, ossia in greco e in latino. L’immagine di un santo diacono con incensiere è campita sul pilastro nord della cripta anch’essa databile al XIII secolo d.C. Al ciclo di primo Cinquecento apparterrebbero la Madonna con Bambino sull’altare (ma non si esclude la presenza di una pittura sottostante), Sant’Eligio sul pilastro destro, l’adiacente affresco della Madonna della Misericordia e la Vergine. Alla fine del secolo successivo è stata, invece, realizzata la decorazione del lato settentrionale della cripta