La chiesa a navata unica ha l'abside semicircolare poco distinguibile dall'esterno a causa di un corpo di fabbrica ad essa addossato. Infatti la parte terminale del vicolo che unisce via S. Giovanni Bosco alla via delel Muraglie, è coperta da una volta a botte e regge un vano a pianta rettangolare con volta a padiglione che serve da sacrestia. Lateralmente ad essa un locale di deposito è affiancato all'abside. Per il dislivello esistente rispetto alla via S. Giovanni Bosco della sacrestia, attraverso una scala in pietra, si scende in uno stretto corridoio che costeggia il fianco laterale della chiesa; da una porta qui ricavata si esce direttamente nel vicolo sopracitato. Altri vani di deposito accessibili dall'esterno sono ricavati sfruttando la parte inferiore del corpo di fabbrica addossato all'abside di cui è possibile vedere parte del muro di fondazione. Il prospetto della chiesa sul vicolo è ulteriormente movimentato da un altro corpo di collegamento con l'adiacente istituto delle suore Immacolatine ed un passaggio tuttora praticabile permette di accedere dial coro della cappella. Sempre su questo lato è il basamento del campanile settecentesco che si innalza di poco oltre il tetto; una scala in pietra per accedere al coro è addossata da questo lato alla chiesa. La facciata a capanna, verso la piazzetta di S. Maria del Borgo, presenta sull'intonaco tracce di affreschi; un portale di ingresso tra due finestre rettangolari ed una terza lunettata dà luce al coro. L'altro fianco longitudinale risulta completamente addossato agli edifici esistenti. Internamente la chiesa presenta tre volte a crociera con sottarchi a decorazioni geometriche; le vele delle crociere risultano anch'esse variamente decorate. Sul presbiterio, nella volta decorata a cielo di stelle, si innesta un cupolino con lanterna. Tra due finestre con vetrate policrome è l'altare maggiore in marmo, addossato alla parete di fondo recante, tra due colone marmoree, una nicchia con una statua dorata della Madonna col Bambino. A sinistra, una porta dà accesso alla sacrestia e una balaustra in marmo divide la navata del presbiterio. La terza campata della navata reca lateralmente a destra una statua della Vergine. Entrambi i frontoni in stucco di questi altari sono opera di stuccatori luganesi