Nel corso del IV secolo a.C. Rudiae si è dotata di una cinta muraria lunga 3950 metri circa che racchiudeva un’area di circa 100 ettari; la struttura si conserva per lunghi tratti ancora ben visibili anche attraverso i muri di confine tra i campi; è stata fortemente intaccata sul lato sud, dove si conservano poche tracce. Le mura erano realizzate con grandi blocchi squadrati in calcare locale ed erano dotate di torri difensive, quadrate o circolari, e circondate da un fossato scavato nella roccia, ben visibile sul lato nord. Nel settore occidentale, in seguito a lavori di sbancamento, è stato messo in luce un tratto di mura realizzato a struttura piena con blocchi di calcare posti di testa e di taglio. Tratti del fossato difensivo che circondava le mura, ben visibili nelle fotografie aeree, sono stati intercettati anche nel corso di recenti interventi di scavo. Analogamente a quanto rilevato in altri siti messapici come Cavallino, in provincia di Lecce, e Manduria, in provincia di Taranto, esiste un secondo circuito murario più interno, lungo circa 1,4 chilometri. I pochi dati archeologici presenti ne collocano la costruzione nel IV secolo a.C., anche se permangono dubbi sulla natura della struttura che potrebbe essere interpretata come terrazzamento. Una prima torre, relativa ad un lungo tratto delle mura, è stata individuata nel 1951 nel Fondo Sei Stoppelli: si trattava del basamento di una struttura quadrata di 10 metri di lato, realizzato con grandi blocchi squadrati di grandi dimensioni di calcare duro. Nel 2011 il Laboratorio di Topografia antica e Fotogrammetria del Dipartimento di Beni Culturali dell’Università del Salento ha condotto dei saggi di scavo nel settore nordoccidentale del circuito difensivo, in corrispondenza di un tratto che le indagini attraverso le foto aeree avevano indicato come interessato dalla presenza di un terrapieno o di accumulo del crollo di una grande struttura. Gli scavi hanno messo in evidenza come le mura si adattassero al territorio sfruttando l’andamento del banco di roccia naturale. Inoltre, è stata individuata una struttura muraria che, nella parte rivolta verso l’esterno, era costituita da un doppio muro realizzato con blocchi squadrati in calcare duro di grandi dimensioni; la parte rivolta all’interno era realizzata con un solo muro della medesima tecnica del paramento esterno, mentre la parte interna era realizzata con un doppio muro costruito con blocchi di calcare poroso squadrati e riempimento di pietre a secco. In corrispondenza della torre le mura raggiungono uno spessore di circa 8,2 metri. Una torre a base circolare è stata individuata nell’angolo nord-ovest. Aveva diametro di circa otto metri: costruita in modo indipendente dal circuito murario ma a esso fisicamente legata, era realizzata con un paramento esterno in blocchi di calcare tagliati a formare la linea curva, mentre all’intero era rinforzata attraverso due muri ad angolo retto che si innestano nella struttura esterna. Un’altra struttura simile è stata individuata nel settore nord-est: era inglobata nelle mura, aveva un basamento poligonale realizzato con filari di blocchi squadrati di calcare duro e si conservava per un’altezza di circa 2 metri