Sulle pareti calcaree della dolina si aprono dieci cavità di origine naturale che conservano le tipiche caratteristiche di una condotta freatica. Lungo il vallone nord-orientale, sul lato destro, si aprono Grotta dell’Imbroglio, la cavità di maggiore estensione con due direzioni principali di sviluppo, e la Grotticella presso Grotta dell’Imbroglio, con ingresso a doppia biforcazione. Sul lato opposto, si trovano la Grotta dell’Orco e Grotticella presso Grotta dell’Orco, quest’ultima di origine mista, tettonica e di interstrato. La cavità più nota è la Grava del Pulo, un inghiottitoio che si apre in basso e che a differenza delle altre ha uno sviluppo verticale. I restanti ipogei sono dislocati lungo la parete settentrionale: Grotta del Colombo (o del Pulo 2), Grotta del Pulo 1, Riparo del Pulo e Grotta della Fessura (o Frattura del Pulo). Solo Grotta Mario, la più lunga con 110 metri di lunghezza, è situata sul fianco destro del vallone nord-occidentale. Tra il 1958 e il 1960 il prof. Franco Biancofiore iniziò l’esplorazione delle grotte, soffermandosi in particolare su quella che indicò come Grotta prima (Grotta del Pulo 1) e Grotta seconda (Grotta del Pulo 2), in cui individuò materiale di interesse archeologico. Egli intercettò le ultime fasi di frequentazione di epoca medievale, romana ed ellenistica (IV secolo a.C. - III secolo d.C.) con tracce di un utilizzo limitato e sporadico degli ambienti, e quelle precedenti, che invece attestavano una cronostratigrafia abitativa delle grotte a partire dal Neolitico (6000 a.C. circa), con ceramiche e varie forme di industria litica rinvenuta in gran quantità anche in considerazione di un loro impiego postumo rispetto al periodo di produzione. Dalla Grotta prima provengono anche una pintadera in argilla cruda, una fuseruola fittile discoidale schiacciata, alcune accette in pietra verde, un ciottolo ellittico schiacciato, quattro canini non forati e una zanna frammentata di suide. Mentre dalla Grotta seconda fu recuperato un ciottolo (lungo sei centimetri, largo tre centimetri e spesso cinque millimetri) inciso su entrambe le facce con motivi geometrico-lineari a scaletta nella parte anteriore e una successione di trattini di uguale dimensione disposti in serie nella parte opposta. Nel 1991 le indagini vennero riprese dall’allora Soprintendenza Archeologica della Puglia che intercettò una sequenza stratigrafica riferibile al Paleolitico superiore, in particolare all’ultima fase epigravettiana (13.000 anni fa circa), e attestazioni di avanzata età del Bronzo (1500-1000 a.C. circa). In questa circostanza venne rinvenuto nella grotta prima un secondo ciottolo inciso sempre con motivo geometrico-lineare a scaletta, ma di maggiori dimensioni del primo. Per quanto riguarda le tipologie ceramiche, lo strato neolitico si caratterizza della presenza di ceramica impressa, incisa, graffita e dipinta in stile Serra d’Alto e Diana; mentre dagli strati dell’età del Bronzo proviene quella ad impasto e senza decorazioni. Una tipologia con fori triangolari rimanda, infine, a esemplari transadriatici ed egei