L’ipogeo, di proprietà privata, è uno dei più grandi tra quelli attualmente conosciuti in città, è composto da quattro sale che hanno un’altezza compresa tra cinque e otto metri; si sviluppa su una superficie di circa 700 metri quadri e raggiunge una profondità di circa 16 metri sotto il piano stradale e quattro metri sotto il livello del mare. Le prime fasi di frequentazione sono probabilmente da mettere in relazione con i primi momenti di fondazione della colonia spartana (fine dell’VIII - inizi del VII secolo a.C.) e con l’attività di estrazione della roccia di base per la costruzione delle mura cittadine: in epoca successiva questa zona del centro storico verrà chiamata “zona delle Fogge (delle cave)”. La sala Etra conserva strutture murarie di epoche diverse. Sul fondo sud della sala è possibile osservare i resti delle mura della polis (città-stato greca). Sul lato nord sono visibili le fondazioni di strutture di età greca realizzate con blocchi di calcare. Sulle pareti è visibile una struttura in opus incertum (strutture murarie formate da piccole pietre di taglio irregolare, cementate tra loro) di età romana. Al XVII secolo d.C. risalgono una struttura triarcata e quattro pilastri di rinforzo delle volte a botte che sostengono il soprastante palazzo. La sala Falanto, attigua e parallela alla sala d’ingresso Etra, conserva i resti di un asse stradale datato alle prime fasi dell’insediamento, un sistema di raccolta dell’acqua di epoca medioevale e un sistema di condotte idriche collegate con i pozzi databili intorno al XVII secolo. Sul lato sud della sala è presente un tunnel che collega l’ipogeo con uno sbocco diretto sul livello del Mar Grande. Sul lato opposto è presente un camino costruito con blocchi di reimpiego. Anche in questa sala sono visibili le pareti in calcarenite e muri in opus incertum (opera incerta, tecnica edilizia romana che prevede l’utilizzo nei paramenti murari di spezzoni di pietra sbozzati, che creano un disegno irregolare e casuale) e una copertura a botte in carparo. La sala Filonide si sviluppa in posizione ortogonale rispetto alle due sale descritte. È la più grande e più alta (otto metri) delle quattro. Qui è visibile l'unica traccia romana dell'ipogeo, rappresentata da una colonna che regge un blocco di calcarenite in prossimità di uno dei sei pozzi presenti nella struttura ipogea. Sul lato nord-ovest si conservano una rampa di scale che conduce nella sottostante sala Persefone e i resti di due collegamenti con gli altri ipogei della Taranto sotterranea. Sul lato sud-est è conservata una struttura muraria che presenta sei nicchie. La sala Persefone è la sala più antica e profonda di tutto l’ipogeo. Interamente scavata nella roccia, presenta resti murari di età greca e un piccolo corso d’acqua (probabilmente lo scavo ha intercettato una falda superficiale che si riversa in mare). I condotti idrici d’età medievale conservati nell'ipogeo raccolgono l’acqua di scorrimento nei pozzi e la convogliano, infine, a mare tramite le cisterne utilizzate come “troppo pieno”