La villa, costruita alla fine del I secolo a.C., si articolava in due settori separati, disposti lungo l’antica linea di costa, con una netta separazione della parte residenziale (pars urbana) da quella produttiva (pars rustica). Gli scavi hanno portato alla luce una porzione del settore produttivo e alcuni ambienti di servizio della villa. L’attività produttiva principale consisteva nella produzione olearia, che si svolgeva in diversi ambienti destinati alla lavorazione e allo stoccaggio dell’olio. L’ambiente meglio conservato della villa di Agnuli è quello destinato allo stoccaggio e alla conservazione dell’olio, dove sono stati rinvenuti in situ 24 doli. Il numero di questi grandi contenitori in terracotta per la conservazione dell’olio doveva essere decisamente maggiore, come suggerisce il numero d'ordine graffito sull'orlo (XXXXVII=47) di un frammento di dolio proveniente dalla villa, conservato presso la Collezione Sansone di Mattinata. L’entità produttiva della villa doveva essere considerevole nel periodo compreso tra la fine del I secolo a.C. e il II secolo d.C.. Tra il II e il III secolo d.C. si registrano fasi di abbandono e ridimensionamento degli spazi della villa. A partire dalla fine del III secolo d.C. la villa fu ristrutturata e fu occupata fino all’inizio del VI secolo d.C