L'indagine archeologica nella chiesa di S. Stefano (Isola del Cantone, Genova) rientra nel progetto Archeologia medievale in alta valle Scrivia, avviato nel 2009 con lo scavo del sito romano e tardoantico di Montessoro (Isola del Cantone, Genova) e promosso dall'insegnamento di Archeologia Cristiana e Medievale (Università di Torino, Dipartimento di Studi Storici) per studiare gli assetti territoriali delle aree rurali della parte settentrionale della Valle Scrivia tra tardoantico e altomedioevo. I ruderi della cappella di S. Stefano sono situati su un ripiano boschivo di mezzacosta, sovrastante l'abitato di Isola del Cantone, ed appartenente alla diocesi di Tortona (Alessandria). Le indagini hanno consentito di documentare la presenza di cinque fasi costruttive, databili tra l’XI e il XVIII secolo, e hanno permesso di individuare 41 sepolture ubicate perlopiù all’esterno della struttura e, in maggior parte, realizzate in fosse terragne orientate ovest-est, che attestano la funzione parrocchiale dell'edificio fino all'inizio dell'età moderna