Lo scavo è stato condotto nel chiostro e in tre vani ad esso contigui; è stata inoltre indagata la stratigrafia in due ambienti della parte orientale del complesso, al di sotto della pavimentazione, scavando il riempimento delle volte sovrastanti altri vani del livello interrato. Nel chiostro centrale sono state portate alla luce murature e piani pavimentali riferibili alle ristrutturazioni ottocentesche ed interventi novecenteschi, inoltre 10 basamenti quadrangolari di pilastri, pertinenti ad una fase iniziale del monastero; questi sono realizzati con ciottoli fluviali e blocchi, in genere non lavorati, e si impostano su un terreno di colore marrone scuro, riferibile alla fase di distruzione ed abbandono del castello. Uno di tali plinti si addossa ad una poderosa muratura riferibile probabilmente ad una delle ultime fasi costruttive del castello, la quale attraversa in senso est-ovest il cortile per tutta la sua larghezza. Nel vano che si apre ad ovest del chiostro, una ampia trincea, condotta lungo la fondazione del muro perimetrale del convento, ha permesso di verificare che quest'ultima insiste con lo stesso allineamento su una precedente muratura del castello, inglobandola con una serie di archi di scarico. Da essa fuoriescono, ad intervalli regolari in senso trasversale, quattro grandi contrafforti sporgenti verso la parte centrale del complesso, riferibili ad una fase del castello medievale. E' stato rinvenuto, inoltre, assieme a varie condotte idriche, un ossario, con varie decine di scheletri di monache. Infine è stato messo in luce, in parte, un cunicolo sotterraneo, oggi parzialmente occluso, e forse sboccante ai Cappuccini. Nell'edificio si conserva, inoltre, un'iscrizione in cui si ricorda l'anno di edificazione e di distruzione del Castello dei Clavesana (1235-1625), come indicato nel Vincolo architettonico al Convento. Sempre sotto la loggia, ma più in basso, sono murati reperti del Castello sopravvissuti alla distruzione. Si tratta di alcune piccole cariatidi in pietra, maschili e femminili, e di qualche altro frammento, tra cui una lunga lastra con un'iscrizione inneggiante alla fedeltà dei pievesi alla Repubblica genovese. Ai due lati della Loggia Ricci sono murati un piccolo tondo in pietra nera con il monogramma di Cristo (NCTN 00110833 con vincolo architettonico) nella facciata dell'ex convento, ed un più ampio bassorilievo in pietra nera rappresentante l'Agnus Dei, avente ai lati S. Giovanni Battista e S.Caterina con la palma del martirio e la ruota di tortura