Il complesso è costituito dalla chiesa parrocchiale, dal campanile, dall’ex convento, dalla casa canonica di Santa Margherita ed è localizzato presso il centro di Vigonza lungo la SP 57. Documenti del XII sec. a.C. citano già una prima chiesa a Vigonza dedicata a S. Margherita e con annesso il monastero degli Agostiniani. I lavori per la costruzione del campanile tuttora esistente iniziarono invece, come prova un’iscrizione muraria, nel 1454 e furono terminati nel 1517. La chiesa citata venne invece demolita nel 1821 e sostituita da una nuova costruzione, ma già tra 1834 e 1837 problemi strutturali resero necessario demolire anche questo edificio e venne eretta la chiesa attualmente presente. L’edificio della casa canonica risale nella sua conformazione attuale al 1856. Nel 2008 in occasione di lavori di restauro e per la posa di sottoservizi nel complesso dell’ex chiostro e della canonica della chiesa di Santa Margherita sono stati eseguiti saggi archeologici in parte all’interno delle strutture e in parte all’esterno di esse. Le indagini hanno evidenziato i resti di una chiesa a 3 navate, con absidi verso sud-est, databile tra X e XII sec. d.C. Saggi di approfondimento e materiali di reimpiego nell’edificio permettono di ipotizzare una frequentazione del sito già in età tardo-romana. Probabilmente poco dopo la costruzione della chiesa e addossato al muro perimetrale settentrionale venne realizzato un chiostro porticato quasi quadrato di cui restano attualmente solo due bracci. Alla fase di vita di questi due edifici possono essere fatte risalire due tombe ad inumazione in cassette di mattoni, una delle quali non indagata e situata presso la navata settentrionale della chiesa; la seconda sepoltura era localizzata all’estremità sud del braccio nord-ovest del portico del chiostro e venne utilizzata ripetutamente per seppellire i membri della comunità maschile monastica qui risiedente. Dopo la demolizione la chiesa fu sostituita da un nuovo edificio costruito più a ovest e non coincidente con l’edificio di culto attualmente presente. Le strutture murarie furono spoliate e l’area venne utilizzata come cimitero. Nei saggi qui eseguiti sono state scoperte sette sepolture con alcuni oggetti di corredo, in cassa lignea con testa orientata verso sud-est. I saggi effettuati all’interno dei due bracci del chiostro conservati hanno invece rivelato preparazioni pavimentali relative a due distinte fasi: un livello con impronte di mattoni posti a spina di pesce e sotto un piano di calpestio costituito da frammenti di laterizi di tipo romano, riferibile ad un impianto distinto e non ancora noto. Nella zona del chiostro sono emersi anche lacerti di pavimentazione in mattoni spezzati con vari ripristini, ma di datazione non determinabile