Il battistero di Santo Stefano è menzionato per la prima volta in un noto epigramma di Ennodio ed è presumibilmente il luogo di battesimo di Sant’Ambrogio. L'antico battistero fu una delle prime costruzioni demolite per far posto alla sagrestia Aquilonare del Duomo intorno al 1387; di esso si conserva solo la vasca, mentre altre strutture pertinenti ai muri perimetrali dell'ambiente vennero demolite in sede di rinvenimento. La vasca battesimale fu messa in luce già nel 1899. Di forma irregolarmente ottagonale, misura circa 2 m per lato e 5.50 m di diagonale, all'interno ha un diametro massimo inscritto di 3,60 m. E' costruito su una massiccia piattaforma di ciottoli legati da malta, sottomurata nel XVII sec. La piattaforma è coperta da strutture in mattoni della prima piscina, all'interno delle quali vi è una canaletta per l'acqua che attraversa l'ottagono sull'asse centrale N-S con pendenza verso N. Il fondo della vasca si trova a -3,55m dal piano della piazza. Doveva disporre di almeno due scalini ed essere rivestita di marmi. Le manomissioni subite dall'area nel corso dei secoli non consentono di ricostruire con esattezza la planimetria dell'ambiente in cui la vasca era collocata. E' possibile che si trattasse di un ambiente quadrangolare di circa 17 x 18 m di lato; l'ambiente era a sua volta forse inserito tra altre strutture del più antico complesso episcopale. Verosimilmente sempre di epoca altomedievale il fonte è interessato da successivi restauri; la vasca è ricostruita con una leggera rotazione verso est dell'asse, presenta due scalini lungo sette lati, mentre ad est ne è sprovvista, per far posto al battezzando. Lungo il lato SE del fonte si sono ritrovate tracce del piano pavimentale esterno all'invaso. L'area intorno a questo battistero, come quella nei pressi di San Giovanni alle Fonti, diventa precocemente area cimiteriale, come attesta la più antica epigrafe funeraria cristiana del complesso episcopale, rinvenuta nel 1899 nei pressi della vasca e riferibile a VI-VII sec. d.C. Il fonte rimase in uso almeno fino al XII sec